Salü Markus,
Grobe Rückschnitte ins Holz macht man bei der Heckenthuja am besten im Frühling, kurz vor dem Austrieb. Den Pflegeschnitt kann man das ganze Jahr durch machen. Bei Hecken macht man's zumeist im September.
Will man viele Austriebe aus dem alten Holz (Rückknospung) erhalten, müssen alle Äste auch stark zurückgeschnitten werden.
Nach starkem Rückschnitt etwas schattig stellen.
Du schreibst nicht was Du aus/mit dem Baum machen möchtest also nehme ich an, dass es weiterhin eine Kübelpflanze bleibt, denn zum Bonsai taugt die Pflanzenart nicht wirklich.
Ganz nebenbei:
Ich musste mal bei einem Kunden so eine Thujahecke ausreissen und dafür Bambus pflanzen. Das war Mitte der Neunziger.
Da habe ich in einem geistigen Höhenflug (rückblickend würde ich das zwar eher geistige Umnachtung nennen), mit der Arbeitsgruppe Schaffhausen einen grossen Wald mit diesen Thujas gemacht. Es war analog zum "Goschin" von John Naka,
https://en.m.wikipedia.org/wiki/File:Na ... goshin.jpg nur um die Hälfte grösser und breiter und die Bäume waren auch etwas dicker.
Der Wald stand danach nicht bei mir im Garten sondern bei jemanden mit viel Platz. Also hatte ich keinen Einfluss auf die Pflege. Natürlich wurden die Bäume vorgehend nicht ein paar Jahre auf die Gestaltung vorbereitet und so gingen sie den Weg allen Irdischen. Aber die Übung, eine grosse Waldgestaltung mit viel Jin und Shari zu arrangieren hat allen sehr gefallen.
Gruss George